Historia zdrojowej świątyni jest ściśle związana z dziejami uzdrowiska, a te mają początek w drugiej połowie XIX wieku.Pierwsza, drewniana kaplica dla kuracjuszy zlokalizowana była na prawym brzegu Taboru poniżej Łazienek Zdrojowych, ufundowana w 1888 przez hrabiego Jana Potockiego. Budowę kaplicy murowanej rozpoczętą jeszcze przed I wojną światową ukończono w 1926 roku. Poświecenia świątyni dokonał ks. Biskup Karol, Józef Fischer 25 lipca 1926 roku. Kościół podlegał administracyjnie i duszpastersko parafii Rymanów, toteż kapłani parafialni z Rymanowa pełnili posługę w niedzielę i święta, gdy nie było księży kuracjuszy. Do 1939 kaplica stanowiła miejsce modlitwy tylko dla gości uzdrowiska. W czasie II wojny światowej kościół był dostępny dla wszystkich wiernych przez cały rok. Pierwszym rezydentem po II wojnie światowej był ks. Józef Drybała. W roku 1957 kapelanem zdrojowym został ks. Franciszek Penar. Młody, energiczny duchowny zaszczepiał iskrę Bożą w sercach dzieci i dorosłych poprzez różne formy działalności, takie jak ministrantura, jasełka z okazji Bożego Narodzenia, chór dziecięcy i inne. W 1964 roku do Rymanowa Zdroju przybyły Siostry Miłosierdzia św. Wincentego a Paulo – szarytki, które do dziś prowadzą formację duchową dziewcząt i katechezy. Siostra Józefa Pitala długie lata pełniła funkcję organisty i prowadziła śpiew podczas Mszy św. zaś po śmierci długoletniego zakrystiana Pana Walentego Zająca, siostry przejęły również tę funkcję. Na przełomie lat 60-tych i 70-tych ks. Franciszek Penar trudził się remontem i wyposażeniem świątyni. Miedzy innymi w 1970 roku dobudowano chór z pięknymi organami, południowe okna odzyskały kolorowe witraże, a w następnych latach kościół wzbogacił się o polichromię.

3 luty 1974 roku to ważna data dla mieszkańców Rymanowa Zdroju, Deszna i części Posady Górnej. Tego dnia JE Ks. Bp. Ordynariusz Ignacy Tokarczuk specjalnym dekretem ustanawia w Rymanowie Zdroju samodzielną placówkę duszpasterską - powstaje parafia pod wezwaniem św. Stanisława B.M., a ks. Franciszek Penar zostaje jej pierwszym proboszczem. Proboszcz wykonał przy wsparciu parafian kolejne remonty i upiększenia kościoła. Została wykonana polichromia. Twórcą wielobarwnych malowideł był Kazimierz Florek z Sanoka. Przedstawiały one sceny z życia Chrystusa oraz upamiętniały wydarzenia historyczne: 1000-lecie Chrztu Polski i 600-lecie Diecezji Przemyskiej. Wobec zwiększających się zadań duszpasterskich między innymi o katechizację dzieci przebywających w Rymanowie Zdroju na leczeniu w 1983 roku przybył do parafii pierwszy wikariusz, był nim ks. Michał Rurak (1983-1985), a kolejno w następnych latach wikariuszami byli: ks. Andrzej Parylak (1985-1987), ks. Stanisław Ruszel (1987-1989), ks. Stanisław Jamrozek (1989-1992), ks. Bogusłw Ruśnica (1992-1995).

W roku 1995 parafię Rymanów Zdrój objął ks. Feliks Paściak, który ożywił życie duchowe i wspólnotowe parafii. Działalność formacyjną, charytatywną i kulturalną rozpoczęła Akcja Katolicka. Formację duchową chłopców pod nazwą Liturgiczna Służba Ołtarza zainicjował ks. Proboszcz, zaś formację dziewcząt „Dzieci Maryi” prowadziły nadal siostry szarytki. Dorośli parafianie formują swoje życie duchowe w kręgach rodzin, grupach modlitewnych, Arcybractwie Straży Honorowej Najświętszego Serca Pana Jezusa i Maryi oraz w różach różańcowych. W 1999 roku ważnym wydarzeniem było rozpoczęcie rozbudowy kościoła. Po załatwieniu stosownych formalności 11 maja 1999 roku podczas wizytacji kanonicznej przeprowadzonej przez ks. Abpa Józefa Michalika rozpoczęto dzieło znacznej rozbudowy światyni, która z pomocą Bożą, dzięki wielkiej ofiarności i udziale parafian oraz determinacji i zaangażowaniu ks. Paściaka ukończona została w 2004 roku. Jej plany opracował mgr inż. Janusz Hanus z Krosna. Prace budowlane wykonywała Firma Stanisława Bolanowskiego, natomiast roboty ciesielskie Firma Józefa Szatkowskiego. Dzieło rozbudowy świątyni wsparli przede wszystkim mieszkańcy parafii, ale także kuracjusze oraz władze samorządowe. W efekcie rozbudowy świątynia posiada 23 m długości, w tym prezbiterium o długości 7 m. Szerokość nawy głównej siega 7 m, natomiast długość naw bocznych wynosi 16 m, a ich szerokość 4,5 m. Wysokość kościoła nad środkowym sklepieniem wynosi 12 m, a naw bocznych 6,5 m. Świątynia została przozdobiona nową polichromią, którą wykonał, wg. własnego projektu Jerzy Zatorski z Ropczyc. Przy okazji rozbudowy dokonano wymiany instalacji elektrycznej, odgromowej, radiofonicznej oraz uporządkowano otoczenie światyni. Dnia 7 listopada 2004 r. JE Ks. Abp Józef Michalik, Metropolita przemyski konsekrował rozbudowaną świątynię. W kościele znajdują się 14 głosowe organy wykonane przez Firmę Włodzimierza Truszczyńskiego z Warszawy w 1971 r. W 1997 roku odbył się generalny remont instrumentu, który wykonała Firma Eugeniusz, Stanisław i Wojciech Bałchan z Chmielnika. W 2005 roku staraniem ks. prałata Feliksa Paściaka, udało się zakupić działkę w centrum uzdrowiska i uzyskać pozwolenie na budowę nowej plebanii. W przeciągu roku wyprowadzono mury do pierwszej kondygnacji wraz z pierwszą płytą. Wikariuszami w tym czasię byli: ks. Jan Smoła (1995-1999) ks. Janusz Dudziak (1999-2002), ks. Andrzej Kudyba (2002-2005), ks. Krzysztof Sobiecki (2005-2005) i ks. Janusz Łuc (2005-2009).

W 2006 r. po 11-letniej pracy w parafii ks. Feliks Paściak, decyzją biskupa Józefa Michalika odchodzi na nową placówkę do Wysokiej Łańcuckiej. Proboszczem zostaje ks. Marek Zajdel, ktory objął parafię 26 VIII 2006 r. po kilkuletniej pracy w Seminarium Duchownym w Przemyślu jako wykładowca dydaktyki i pedagogiki i dyrektor administracyjny. Od samego początku rozwija dzieła poprzednika zarówno w dziedzinie duchowej jak i materialnej. Powstają w parafii pierwsze grupy oazowe Ruchu Światło-Życie i pierwszy, a potem drogi krąg Domowego Kościoła, posługę rozpoczyna parafialna Diakonia Muzyczna. Kontynuowana jest budowa nowej plebanii i upiększanie świątyni oraz otoczenia kościoła. W październiku 2007 r. zostają sprowadzone relikwie św. Faustyny Kowalskiej i uroczyście wprowadzone do parafii przez Ks. biskupa Adama Szala. W 2010 r. zostaje wybudowany pomnik poświęcony pensjonariuszom, którzy wysiedleni z domu opieki w Krakowie „tu dokończyli żywota” jak mówi napis na tablicy. Uroczyście poświęca go Ks. biskup Marian Rojek 8 maja 2010 roku w dniu odpustu parafialnego, który w tym roku zbiegł się z wizytacją kanoniczną parafii. Ważnym wydarzeniem duszpasterskim było wybudowanie i poświęcenia w lipcu 2010 roku w Rymanowie nowej kaplicy na cmentarzu. Odtąd wszystkie uroczystości pogrzebowe zostały przeniesione z kościoła w Rymanowie Zdroju do kaplicy w Rymanowie. W marcu 2011 roku zostały przeprowadzone misje parafialne przez ks. misjonarzy Ks. Tadeusza Kocura i Ks. Zbigniewa Suchego, które na nowo wlały w parafian ducha wiary i miłości. Szczególnym wydarzeniem w sierpniu 2012 roku było nawiedzienie Parafii przez Krzyż Wielkopiątkowy Jana Pawła II i jego relikwie. Owocem i pamiątką tego nawiedzienia jest ufundowany i poświęcony pomnik Jana Pawła II w rymanowskim parku zdrojowym poświęcony przez ks. proboszcza Marka Zajdla 28 X 2012 roku, w obecności przyjaciół ze Słowacji, którzy ufundowali pomnik dla Rymanowa Zdroju. kolejnym ważnym wydarzeniem było ukończenie budowy i oddanie do użytku nowego domu parafialnego w parku niedaleko kościoła. Przerprowadzenie ze starej do nowej plebanii dokonało się w pierwszą sobotę października 2013 roku. Uroczystego poświęcenia dokonał Ks. Arcybiskup Matropolita Józef Michalik 4 czerwca 2014 roku w 40 rocznicę erygowania parafii Rymanów Zdrój.   Obowiązki wikariuszów  w tym czasię pełnili: ks. Janusz Łuc (2005-2009), ks.Tadeusz Zagaja (2009-2010), ks.Grzegorz Jakubik (2010 - 2013), ks. Grzegorz Kowalczyk (2013 - 2015), ks. Tomasz Dziob (2015 -