Historia zdrojowej świątyni jest ściśle związana z dziejami uzdrowiska, a te mają początek w drugiej połowie XIX wieku. Pierwsza, drewniana kaplica dla kuracjuszy zlokalizowana była na prawym brzegu Taboru poniżej Łazienek Zdrojowych. Budowę kaplicy murowanej rozpoczętą jeszcze przed I wojną światową ukończono w 1926 roku. Poświecenia świątyni dokonał ks. Biskup Karol, Józef Fischer. Kościół podlegał administracyjnie i duszpastersko parafii Rymanów, toteż kapłani parafialni z Rymanowa pełnili posługę w niedzielę i święta, gdy nie było księży kuracjuszy. Do 1939 kaplica stanowiła miejsce modlitwy tylko dla gości uzdrowiska. W czasie II wojny światowej kościół był dostępny dla wszystkich wiernych przez cały rok. Pierwszym rezydentem po II wojnie światowej był ks. Józef Drybała. W roku 1957 kapelanem zdrojowym został ks. Franciszek Penar. Młody, energiczny duchowny zaszczepiał iskrę Bożą w sercach dzieci i dorosłych poprzez różne formy działalności, takie jak ministrantura, jasełka z okazji Bożego Narodzenia, chór dziecięcy i inne. W 1964 roku do Rymanowa-Zdroju przybyły Siostry Miłosierdzia św. Wincentego a Paulo – szarytki, które do dziś prowadzą formację duchową dziewcząt i katechezy. Siostra Józefa Pitala długie lata pełniła funkcję organisty i prowadziła śpiew podczas Mszy św. zaś po śmierci długoletniego zakrystiana Pana Walentego Zająca, siostry przejęły również tę funkcję. Na przełomie lat 60-tych i 70-tych ks. Franciszek Penar trudził się remontem i wyposażeniem świątyni. Miedzy innymi powstał chór z pięknymi organami a południowe okna odzyskały kolorowe witraże.
3 luty 1974 roku to ważna data dla mieszkańców Rymanowa-Zdroju, Deszna i części Posady Górnej. Tego dnia JE Ks. Bp. Ordynariusz Ignacy Tokarczuk specjalnym dekretem ustanawia w Rymanowie-Zdroju samodzielną placówkę duszpasterską – powstaje parafia pod wezwaniem św. Stanisława B.M., a ks. Franciszek Penar zostaje jej pierwszym proboszczem. Proboszcz wykonał przy wsparciu parafian kolejne remonty i upiększenia kościoła. Została wykonana polichromia. Twórcą wielobarwnych malowideł był Kazimierz Florek z Sanoka. Przedstawiały one sceny z życia Chrystusa oraz upamiętniały wydarzenia historyczne: 1000-lecie Chrztu Polski i 600-lecie Diecezji Przemyskiej. Wobec zwiększających się zadań duszpasterskich między innymi o katechizację dzieci przebywających w Rymanowie-Zdroju na leczeniu w 1983 roku przybył do parafii pierwszy wikariusz, był nim ks. Michał Rurak (1983-1985), a kolejno w następnych latach wikariuszami byli: ks. Andrzej Parylak (1985-1987), ks. Stanisław Ruszel (1987-1989), ks. Stanisław Jamrozek (1989-1992).
W roku 1995 parafię Rymanów-Zdrój objął ks. Feliks Paściak, który ożywił życie duchowe i wspólnotowe parafii. Działalność formacyjną, charytatywną i kulturalną rozpoczęła Akcja Katolicka. Formację duchową chłopców pod nazwą Liturgiczna Służba Ołtarza zainicjował ks. Proboszcz, zaś formację dziewcząt „Dzieci Maryi” prowadziły nadal siostry szarytki. Dorośli parafianie formują swoje życie duchowe w kręgach rodzin, grupach modlitewnych, Arcybractwie Straży Honorowej Najświętszego Serca Pana Jezusa i Maryi oraz w różach różańcowych. W 1999 roku ważnym wydarzeniem było rozpoczęcie rozbudowy kościoła, która z pomocą Bożą, dzięki wielkiej ofiarności i udziale parafian oraz determinacji i zaangażowaniu ks. Paściaka ukończona została w 2004 roku. 7 listopada br. JE Ks. Abp Józef Michalik, Metropolita przemyski konsekrował rozbudowaną świątynię. W 2005 roku staraniem ks. prałata Feliksa Paściaka, udało się kupić działkę w centrum uzdrowiska i uzyskać pozwolenie na budowę nowej plebanii. W przeciągu roku wyprowadzono mury do pierwszej kondygnacji wraz z pierwszą płytą. Wikariuszami w tym czasię byli: ks. Jan Smoła (1995-1999) ks. Janusz Dudziak (1999-2002), ks. Andrzej Kudyba (2002-2005), ks. Krzysztof Sobiecki (2005-2005), ks. Janusz Łuc (2005-2009), ks. Tadeusz Zagaja (2009-2010), ks. Grzegorz Jakubik (2010-2013), ks. Grzegorz Kowalczyk (2013-2015), ks. Tomasz Dziob (2015-2020), ks. Łukasz Pałacki (2020-
W 2006 r. po 11-letniej pracy w parafii ks. Feliks Paściak, decyzją biskupa Józefa Michalika odchodzi na nową placówkę do Wysokiej Łańcuckiej. Proboszczem zostaje ks. Marek Zajdel, ktory objął parafię 26 VIII 2006 r. po kilkuletniej pracy w Seminarium Duchownym w Przemyślu jako wykładowca i dyrektor administracyjny. Od samego początku rozwija dzieła poprzednika zarówno w dziedzinie duchowej jak i materialnej. Powstają w parafii pierwsze grupy oazowe Ruchu Światło-Życie i pierwszy, a potem drogi krąg Domowego Kościoła, posługę rozpoczyna parafialna Diakonia Muzyczna. Kontynuowana jest budowa nowej plebanii i upiększanie świątyni oraz otoczenia kościoła. W październiku 2007 r. zostają sprowadzone relikwie św. Faustyny Kowalskiej i uroczyście wprowadzone do parafii przez Ks. biskupa Adama Szala. W 2010 r. zostaje wybudowany pomnik poświęcony pensjonariuszom, którzy wysiedleni z domu opieki w Krakowie „tu dokończyli żywota” jak mówi napis na tablicy. Uroczyście poświęca go Ks. biskup Marian Rojek 8 maja 2010 roku w dniu odpustu parafialnego, który w tym roku zbiegł się z wizytacją kanoniczną parafii. Ważnym wydarzeniem duszpasterskim było wybudowanie i poświęcenia w lipcu 2010 roku w Rymanowie nowej kaplicy na cmentarzu. Odtąd wszystkie uroczystości pogrzebowe zostały przeniesione z kościoła w Rymanowie-Zdroju do kaplicy w Rymanowie. W marcu 2011 roku zostały przeprowadzone misje parafialne przez ks. misjonarzy Ks. Tadeusza Kocura i Ks. Zbigniewa Suchego, które na nowo wlały w parafian ducha wiary i miłości. Szczególnym wydarzeniem w sierpniu 2012 roku było nawiedzienie Parafii przez Krzyż Wielkopiątkowy Jana Pawła II i jego relikwie. Owocem i pamiątką tego nawiedzienia jest ufundowany i poświęcony pomnik Jana Pawła II w rymanowskim parku zdrojowym poświęcony przez ks. proboszcza Marka Zajdla 28 X 2012 roku, w obecności przyjaciół ze Słowacji, którzy ufundowali pomnik dla Rymanowa-Zdroju. kolejnym ważnym wydarzeniem było ukończenie budowy i oddanie do użytku nowego domu parafialnego w parku niedaleko kościoła. Przerprowadzenie ze starej do nowej plebanii dokonało się w pierwszą sobotę października 2013 roku. Uroczystego poświęcenia dokonał Ks. Arcybiskup Matropolita Józef Michalik 4 czerwca 2014 roku w 40 rocznicę erygowania parafii Rymanów-Zdrój. 15 lipca 2015 roku ma miejsce wprowadzenie do kościoła relikwii św. Jana Pawła II, papieża polaka, którego dokonał ks. abp Mieczysław Mokrzycki Metropolita Lwowski, przez wiele lat osobisty sekretarz Ojca Św. Jana Pawła II.
Obowiązki wikariuszów w tym czasię pełnili: ks. Janusz Łuc (2005-2009), ks.Tadeusz Zagaja (2009-2010), ks.Grzegorz Jakubik (2010 – 2013), ks. Grzegorz Kowalczyk (2013 – 2015), ks. Tomasz Dziob (2015 – 2020), ks. Łukasz Pałacki (2020 –